在乳酪生产中的应用
纳他霉素的主要作用是防止乳酪在成熟时发霉，以限制霉菌毒素的形成。因它很难透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面霉菌生长很有优势，而且不影响乳酪的成熟过程。具体的应用方法有三种：
1、喷于乳酪制品的表面；
2、把盐渍后的乳酪在0.05%～0.28%浓度的纳他霉素悬浮液中浸泡2～4分钟；
3、把0.05%纳他霉素加到覆盖乳酪的涂层中。
目前批准纳他霉素可用于乳酪防腐的国家有：中国、阿尔及利亚、巴林、比利时、保加利亚、加拿大、智利、法国、德国、希腊、匈牙利、以色列、意大利、科威特、墨西哥、新西兰、挪威、阿曼、菲律宾、葡萄牙、卡塔尔、沙特阿拉伯、南非、西班牙、瑞典、美国及委内瑞拉等国。
在广式月饼中生产的应用
月饼消费的时令性很强，生产厂家要提前生产以满足市场需求。由于月饼营养丰富，饼皮、饼馅以及咸鸭蛋黄都常会发生霉变，而近年采取的一些防霉剂和防霉措施效果不够理想。报道用纳他霉素对广式豆沙、莲蓉、咸鸭蛋黄、莲蓉月饼进行了试验，同时采用丙酸钙、山梨酸钾、对羟苯甲酸乙酯、对羟苯甲酸丙酯等作为对照试验。结果显示纳他霉素200～300ppm对月饼有良好的防霉效果。
使用纳他霉素防止月饼和咸鸭蛋黄发霉，一般采用喷洒法。将纳他霉素制成0.02%～0.04%(w/v)的悬浮液，喷洒在饼面、四周及底部即可。生咸鸭蛋黄需入炉烤至7～8成熟再喷洒。
在面包糕点生产中的应用
将100～500ppm纳他霉素溶液喷在烘焙食品如蛋糕、裸麦面包、白面包、光酥饼的表面，或将纳他霉素喷洒在未烘烤的生面团的表面，都可收到理想的防霉效果，对产品的口感不产生任何影响。
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